请教关于公司管理的问题

我公司是个粗放型中小企业，年初定下了公司管理架构，9月公司又大幅度改动了管理架构，而且有个非常严重的问题是，公司因人定岗，很多部门设置不合理，如：行政部归到生产厂长领导下，原属于生产车间的原料车间，现在提升为原料部，直接由总经理领导，老板（就是总经理）说，这个部门行政上由他领导，技术上听从技术经理的，这合理吗？而行政部，我曾经强烈跟老板说，要提升该部门的位置，回答：这个部门暂时不能独立出来，因为部门经理还没这个全面能力，而他跟生产这边关系最大，服务最多，由厂长直接管较好。这合理吗？
我是个初生牛犊，可能我的经验不足，很多东西都想规范化，但这样的架构一年里变了两次，一方面我在应老板要求，全面完善公司管理制度及流程，另一方面，老板这种随意性的、自发性的，（科学不科学我不敢说）管理模式确实让我苦恼。
总的来说，我的思想跟老板的思想不温和，也感受到私人企业里老板或者几个人说了算的管理的痛苦了。请高手指点一下，我该如何在企业里混下去呢？