关于体系文件,我公司一个奇怪的事?

我刚来这公司几个月,我发现我们公司的几乎所有的二级文件和部分三级文件都是公司刚开始认证时做的,快两年了,没有任何修改,而实际运行却和文件相差甚远,我刚来发文件给他们时,发现部门员工都没有当实际工作变化了,要相应的修订文件的概念,当然我们的SOP,FMEA,CP,SIP等还是正常运行的,就是对一些程序文件管理好像很失控.
现在公司进行文件的大修订,可是我却有无能为力的感觉,我发现公司的二级文件存在的问题好多,最主要的还是"流程问题" 和职责分配等问题,而且文件编的错误百出,居然还有就名字不一样,内容几乎完全相同的两份程序文件,居然还是属于不同部门的.
我当然不用改别的部门的文件,只是看到部门的人根本不把这当回事,而且还认为是我们强迫他们做的,感觉很累.
我努力去了解各部门的工作,希望文件的内容能够不要这样乱七八糟的.但是有时真的觉得感觉不怎么样,别的部门的人老奇怪的问我为什么老关注他们部门的事情.
我认为文件的修订应该是各部门自主自发的事情,可是在我们的 公司却到过来了.
而且要让原来那乱七八糟的文件重新得以健康的运行, 不知道该怎么做?因为我越来越觉得我要了解太多的知识才可能重新让文件流程清晰 .因为我真的有一种把文件全部重新编写的冲动.----该删除的删除,该合并的合并(看我们公司的文件是折磨)
不知道遇到这个问题,该怎么办? 因为感觉这事管不了我,而且我的能力可能也不够,心累!