程序文件修改后的处理

各位兄弟姐妹,不知程序文件修改后,被修改的部分及经修改的程序文件该任何处理呢?我知道在程序文件的版次上体现出修改的次数,但经修改的内容该怎么处理呢?是放在程序文件内还的删除掉呢?或者是删除但在修改的内容上说明经修改的内容呢?因为小弟是第一次修改公司的程序文件,请多多指教啊.我先拜谢了!