公司内２套体系的运行问题？

公司出现这样的状况：
１、老总按管理的思想引进一套管理方法，并制定出相应的整套文件；
2、ISO9001体系也同时运营。
现在怎么整合呢？
老总的意思是所有工作参照自己的管理方法运行，从中提取9000需要的要素；
现在我面临写质量手册的问题：1.老总的这套管理模式怎么给予它定位，使其合法话？2.质量手册的位置是不是在此管理模式文件的上一层次吗？如果平行，怎么解决1.的问题？
请各位不吝赐教！
谢谢！