部门不配合质量体系工作的苦恼

有的部门为了逃避审查，对一些工作程序在体系文件中规定的比较含糊，甚至有些工作程序不在文件中规定，怎么办？比如《合同签订的审批流程》，这部分内容在文件中含糊带过，文件审查不会有太大问题。但该部门偏偏又搞出一个具体的审批文件，不知是否应该想办法让他们把这一块儿放到体系文件中。
请支招，谢谢！