求助:RD 部门是否该纳入体系?

我们公司是做产品 Assembly的,以前都是客人给设计好的图面,公司内只存在PFMEA设计. 近期,公司规模不断扩大,新成立了RD部门,主要是负责部分关键产品零部件的设计及机构部分设计.为次,请教如下:
1.RD部门是否要纳入体系架构?RD是新成立的,规模还不大,目前只设计了部分客人有需求的产品,如果要纳入体系,架构要变,担心公司在认证时出现问题.. 假如不纳入体系,担心客人Audit时出问题....
2.以上,怎样可完善公司体系,该做哪些才可以避免出现问题?
请各位发表高见,大家相互学习!谢谢!