公司体系内审到底该怎么进行

我们公司每年都在年底进行一次内审,去年内审的时候大约有40几项不符合,大部分都是文件记录方面的,在公司外部监督审核的时候,说太多了,改成了只有3项
我们公司体系已经过了6年了,但是体系运行的很差,每次内审就是在走过场,骗骗人.以前培训过的内审员几乎都走了,审核员有各部分的负责人担当
今年的内审,我向管代建议,不要那些部门负责人审核,组织3-4个人对全公司进行彻底审核,看看体系到底怎么样,管代说可以啊,说的不是很情愿,我也就没在多说,因为说多了,就是我的活了
我们公司是民营企业,对这样的公司,真不知道怎样好好的进行内审?