请大家鉴别公司这样的制度做违法吗？

请大家鉴别公司这样的制度做违法吗？
我们公司一直以来都是打卡计算工时的，这样就要求我们上下班在刷卡机上打卡，如果我们忘记刷卡了，之前是填张申请单，主管签字确认就OK了，但是几个月前，公司制定了这样的制度：每个月只能有一次漏刷卡的机会，如果有两次则需要调休半天，也就是扣4H工时，如果三次则调休一天，没有上限，不断累积。
我们公司很正规，应该是通过内部律师不断研究劳动法后得出来的，此地卧虎藏龙，请各位大侠指导，是否合法，以及合法的依据是什么？