恳请高手解惑：第一阶段审核问题到底该如何整改

上个月我们进行了GJB质量体系认证第一阶段审核,审核员提出了不少文档方面的问题,但对这些问题到底如何整改我实在拿不定主意,具体如下:
我们认证范围内的项目去年就已经完成,并交付给客户了,这单合同已经结束了,（审核范围内仅此一个产品，该产品的升级产品年底会有新合同签订），现在审核员提出的问题主要是关于开发文档的,如质量保证大纲中设计评审、验证、确证的时机及用何种方式来实施不明确,产品特性分析不充分,没有软件配置管理计划、软件开发未评审等，就是对这类问题我不知该如何整改，因为项目已经结束，客户也出具了验收合格证明，现在我还有必要再去对这个已经完成的项目的文档进行更改吗，如果不更改审核员会认可吗，现在我采取的方法就是针对这些问题补写了一些三级文件（如产品质量保证大纲编写规范、软件配置管理计划编写规范等）以及加强培训。
11月底就要进行第二阶段审核了，我这样做是否可行，心里实在没底，请大家给些建议。