快要TS外审了，急啊

我们公司第一阶段外审已经通过了，1月初要进行第2阶段审核，现在我的经理突然离开公司了，所有的事情都由我来做了，情况非常困难。
我想问：
1.认证公司会详细看我们的内审报告吗?我的意思是,因为我们内审报告里有一些不符合项整改起来非常困难,如果要看我可以把它删除吗?如果可以,又出现一个问题,因为我们有打印的纸档文件,上面有相关部门经理的签名,修改了报告,这些签名就要重新签,但是一些签名的人有一些已经不在公司了,我应该怎么做?
我们本来想推迟审核的,因为人员的变动,管代和顾客代表每了,对体系来说是个重大的改变,存在很大风险,而且很多上层的东西,我解释不清楚.咨询过认证公司,他们认为发现重大不符合项然后中断审核的风险较小,建议不要推迟审核.大家看看有什么好的看法和建议吗？
PS：我们的认证公司是LRQA，目前我清楚的不足之处是，APQP的相关资料不全，很多输出的文件无法取得，采购框架协议存在问题。