多个体系运行是用一套文件好，还是多套文件好？

我们公司之前有ISO9000的体系文件，现在我们在推行TS16949和ISO14001，我的计划是分别写手册，但是不知道程序文件是写一套好，还各自写多套好。
写一套的话，就是将9000的程序文件进行修改和增加，增加TS和环境的内容，增加的文件的编号规则延续9000的规则。
写多套文件就是，9000的不动，TS的写一套，，ISO14001的写一套，编号有自己的规则。
不知道怎样比较实用和方便，请各位指教？
另外手册是否可以三个体系糅合在一起呢，不知怎么操作？
公司2009年还将推行QC08000，到时也会有更多的文件。