关于引用程序的问题

我公司在做14000的程序的时候部分程序引用了9000的程序，比如文件资控制管理程序、内审程序等。但是因为主管14000的部门是环境安全部门，而9000的主管部门是品质部，所以在引用程序中的主要职责都是品质部，但是在环境手册中的职责又是环境安全部门，这样两个部门因为职责问题互相推卸。
我想问的是1.这样的文件是不是存在缺陷？
2 .引用程序是不是可以理解为只引用流程，职责应该按照手册中的规定？（因为手册是一级文件）
高手指点一下吧！