3c认证的程序文件与ISO9000体系文件融到一起好不好

我们单位字1999年就通过了ISO9000质量管理体系，自认为体系文件比较成熟了，现在我们的无功补偿产品要进行3C认证，可是原来多年干质量管理的人走了。我现在是新手，没经验，也很害怕。照着3C实施细则将该补充的程序文件，像《关键元器件和材料的检验和确认检验程序》像《例行检验和确认检验程序》《标志的管理和使用程序》《产品的变更控制程序》等我都重新起草了。可是我们领导又聘请了一位专家，他建议我们另外出一套3C认证的程序文件，不要和9000文件揉到一起。当时我觉得很有道理，但我真正起草其文件时，我觉得非常困难，既要兼顾原文件，原质量记录，包括编号办法，还要考虑其实施的有效性，反复斟酌，一整天我就起草了一个文件。请教各位大侠，我该怎么办？