关于不符合项的整改

企业燃材锅炉废气采用旋风除尘，但其环评要求采用水膜除尘方式。
这种情况下，公司觉得如果在锅炉改造这方面下工夫的话，不可取。所以决定在文件更改上面做文章，但是公司行政人事部部长又说，这种情况环保部门是不会给我司开据相关证明的。
能否通过什么办法，让老师将这个不符合项给我们关闭啊？