副总改换，体系更改问题

我公司体系，08年底刚进行了改版。现在09年，部门的架构又发生了重大变化，人员更改也较频繁，平时管代也没时间对体系文件进行更改。现在马上要进行内审及外审了。我发生体系文件及程序手册上大多与现在不符合。
例：以前有外包过程 ，现在没有了。但手册中并没有更改。
2.以前副总是技术类的，所以体系文件中很多技术类批准都均副总签字，但现在换了个财务的做副总，所以技术副的就根本不用找她签字了。那谁签字呢?现在变成作业指导书都由总经理签字批准。这与文件就不符合了。且，副总一换，大总分程序文件里的流程也全变了。现在相当来说，是程序归程序，做归做。
像现在这种现象，管代并没有说要进行更改，我说很多流程不符合了，她说你认为要更改，写申请上来！晕死
公司体系，平时根本没人管，每年都是应付内审，外审。外审过了，就要到下年度才关注了！
以前审核，年年是做假做过的，去年有所改善，也就是算组织了人员内审。按流程基本上进行了审核。