关于新厂和老厂体系运作的问题

本人现在遇到一个难题，以前我只负责过一个新厂从无到有的体系建立和推行，而且最近三年都在作开发工作，体系知识已经遗忘的差不多了。
本月就要空降一个朋友的公司作品质主管，心里还是有点茫然。
大致介绍下这个公司的情况：
1994 年生产加工工厂在东莞建立.
1999 公司ISO9002:1994质量管理体系12月取得认证.
2001 年将ISO9002:1994升级到ISO9001:2000版.
2003 年5月全面导入ISO14001:1996环境管理体系
2004 年1月19日,LUCKY ISO14001:1996通过认证.
2007 年9月12日通过TUV TS/16949:2002认证.
现在是这个样，公司内部成立了钣金事业部，单独厂区，单独核算，但订单多为老厂接单转过来，还有就是我们钣金加工模式与五金冲压开模具制作的模式不一样，钣金是在接收客户图纸后直接吸收作工艺文件后打样送样确认封样量产，但五金冲压涉及摸具制作，需要先确认摸具在确认产品。
这样新旧公司的文件就会有部分冲突，而且相关表单需要重新制作，检验规范也不可能像冲压那样每工序进行制作，因为钣金多样小量。只能是针对工序单独制作通用的。
还有就是公司成立钣金以来，记录不完善，很多记录未记录，程序文件执行混乱。
所以在这里问下论坛里面的兄弟姐妹，我是给老板讲重新规划体系好了还是沿用旧体系。
新体系认证要10多万 估计老板不会答应，但旧体系确实不适用，如果更改是必会在同一体系下出现两个版本的体系文件，是否符合ISO要求，另外，以前遗漏的记录是补还是从现在开始作就好。想听听各位XDJM的意见，先谢谢了！