我这个管理者代表该怎么做

我今年2月23日来这家公司，招聘我来做管理者代表（TS16949）,负责体系推进。公司产品是汽车轮毂轴承，以机械加工为主，市场为北美维修市场，暂时没有整车配套，有计划做。
我来之后的第一项工作是自己做了一次内审，目的是了解公司体系运行及质量管理水平。整体状况是：TS16949证书虽有，但属于花钱买证。各级人员对质量手册、程序文件、记录表格都没有基本的学习和认识。没有直接的生产合格率统计，没有质量统计分析，更没有统计管制。
之后做了一个周期为一年的工作计划，大概分四个阶段：体系文件集体学习，换版；体系运行，各类质量表格投入使用；应对监督审核，同时增加产品设计责任（原来证书删减7.3）；顾客意识强化阶段，介绍各类主机厂对供应商的体系要求。
结果计划刚实施了1个月多点，刚带大家学习了一遍体系文件，公司最大的客户（占80%的份额）来验厂。结果当然很糟糕，查出来粗糙度测试超差，硬度检测没记录。要求90天整改，如果没有明显改善，就停止买货。
总经理召开紧急会议，要我调整计划。主要做了以下调整：压缩文件整理和学习的时间，把体系运行的阶段提前，把作业指导书，检验指导书，实验室操作规程，检验记录，生产统计，质量统计分析这些工作完善起来，保持清晰的记录，2个月内运行正常。
天有不测风云，新计划刚运行了2周，客户提了新要求，指定SGS为公司制定计划整改。今天来了咨询师，现场调查，下周一出整改方案，我司认可后再出具体实施计划。
那我的计划怎么办？我组织做了的那些指导书，检验记录大概要推翻重来了。因为我做的时候是考虑了公司实际情况，人员基本素质情况的。SGS来整改，肯定是要按严格的整车厂配套来重新规定的。
郁闷中，我这个管理者代表接下来该怎么做？恳请论坛里的朋友们，帮我出出主意啊。