公司几个分部门独立运作、产品完全不一的体系文件如何写？

现公司有3个部门，产品完全不同，目前有一个部门也通过ISO9001认证，公司想把另外两个部门你也纳入进来。目前在制定体系文件时，感觉2阶、3阶文件有点不太好写。目前的想法是：1）QM肯定全公司共用，2阶文件SOP也想制定成通用性的，全公司公用，主要是在3阶文件WI上各部门制定自己的具体操作流程。 2）QM共用，2阶文件SOP先制定一部分通用，然后在各部门之间增加制定介于2阶于3阶层的一层文件，定义为部门2阶文件，然后在各部门之间制定自己的3阶文件WI。
请各位大虾给小弟参考下，那种方法更好，自己感觉第一种方法会减少许多工作量（但会存在一些部门工作流程在3阶文件上不好表达），同时在今后变更时也比较方便。 第二种办法会比较繁琐些，同时也不知道增加一层文件是否可行？