请教文件编号可以重复吗？

各位朋友，想请教个不是问题的问题。如果看到的人，一定要回答下我。。
今天又和技术部的一个主管争论了起来，原因只是因为一个文件的编号；上个月他把技术部和实验室的文件表格等分开了，（以前是同一个编号，这两个部门也都是属于技术部。）属于实验类的文件全编为了WI-CS-XX（流水号）。以前原编为WI-JS-XX的文件，他没有写作废单，就直接作废了。然后今天他给我个文件，是修改了的，这份文件上次给我编的是WI-JS-020。这次他改为了WI-JS-005-A1。我就退给他。说不能这样编。他不接受。要我按他的编。。。。我一下子就无语了。按照他的意思是WI-JS-XX所有的编号，都从零开始，以前编号下有文件，就算作废了，也要从零起编。
我很无语。这家公司的资料管理很不规范。文件管理。有客户审厂或是要过什么体系就想起来管理，没有的话，文控就是直接没有，各部门的文件，各部门自己管理。现在文控是我在管，然而各部门好像习惯了自己的做法，我觉得不行的，他们一定要和我争个半天，然后管理者代表发言了。就按管理者代表的话来做。
上次也因为他们一个文件编号，编了三份文件。这三份文件的名字是一样的，只是文件的内容不一样。他们编在了一起，我们吵起来了，后来管理者代表出面，就可以那样编。我就按她说的做了。然后自己在另想办法来管理这三份相同编号，却不同的文件。我心里有些不平衡。
所以我想问下朋友们，是不是我对工作太循规蹈矩了，还是我太死心眼了，我不知道自己这样做对不对。请大家指点下我吧！谢谢！(?