请大家探讨下，如何做一个有效的公司流程审核

近期老板想在公司范围内启动一个行之有效的Rolling Audit，对公司流程进行有效梳理和优化。一直没想到很好的方案，请各位有经验的人士分享下成功经验。

公司大概背景如下：
1、2000人左右的，这两年一直在调整组织架构，由合资企业刚转为国有控股；
2、公司有5大体系，iso9001，iso14001，ohsas18001，QC080000，Tl9000，且都运营过5年以上，曾经做过SA8000和iso27001，内部维护
3、体系组设置在品质部下面，品质部设在工业中心下面，公司有研发中心、营销中心、工业中心，以及管理和支撑平台（包括HR和行政部等）


目前困难如下：

1、最高管理层（国企领导），基本不太明白各体系是做什么的；
2、因为体系建立的比较早，全公司职员有过较大调整，现有职员对体系了解程度很低，对本部门的文件都不清楚，但都忙着各自的工作。
3、这两年变化组织架构调整较大，很多文件已经不适用，同时，文控系统里有上千份文件，包括很多项目的作业指导书，和以前的指引文件，来个新人就出套新文件，旧文件没有人去删除或取代，日积月累，系统文件就越来越多。这些也是造成了职员不看文件执行工作的原因之一。
4、内审，年年都做，但趋于形式化，发现的问题得不到根本改善。内审员能力逐年下降，也不愿意参加培训参与审核。内审人员也从部门经理下降到普通职员，甚至文员。
5、认证审核：体系组成员很“强大”，基本都能提供符合要求的证据，审核公司提出的问题都无关痛痒（严重不符合项也不会开）
6、体系推动各部门改善很难，工业中心还好一些，涉及到研发中心和营销中心的工作就特别难开展，涉及到品质体系以外的体系审核工作就更难开展；
7、体系文件已不适用，流程审核参考体系文件就基本没法审核。参考iso标准吧又比较笼统，针对性不强，不知道工作如何开展？