关于供应商提出来的让步接收

有一个问题：
供应商自发的提出，为客户加工的产品存在瑕疵，请客户评估是否可以让步使用。
客户由SQE发起内部的让步放行申请，经过技术和质量评估后，判定可以让步使用，并通知供应商可以发出货物。
当货物到了公司经过来料检验时，是否还应该就已放行的问题开不合格？
因为我们公司有供应商产生不合格会进行质量扣款的制度，如果供应商已经提前告知问题，并得到许可发出，仍然要因不合格记录而被罚钱，是否会挫伤供应商的积极性？
从供应商管理的角度来讲，我是不支持这样的，不知道各位同仁如何看待这个问题。
当然，前提是供应商提出的问题并不是什么严重的问题，而且提出类似放行需求的频率也不高。