求教，像这种情况该怎么开展体系工作

母公司和控股子公司分别设立于两个地方（距离不很远），两个公司财务是独立；母子公司产品都一样，母公司订单委托子公司加工的关系；两公司用的同一套行政管理部门，原来体系只覆盖到母公司，但经几年发展，现在控股子公司的规模已经远远超过母公司，前段时间我们体系主管部门迁到了子公司，现在领导们决定将体系覆盖子公司，主要审核场所改到子公司进行，经过这几天的了解，子公司整个就依据默认的一套流程在运行，没有明确组织结构，有些职能混乱不清，且没有任何管理制度。我感觉子公司管理方面基础太差，怕推行体系时候变动大了，阻力太大根本推行不下去，或者部门就纯粹敷衍应付，求指点！@