工程部的文件控制与程序不一致，但人家说是按老板要求做的！

近日内审中发现工程部文件版本号方面有问题：
按我们《文件控制程序》的要求，我们的版本是从A1到A9，如果A9之后仍有升级，从B1开始到B9，依此类推。
本次内审，绝大部分部门都按要求做了，但我们在工程部发现很多图纸是A0,B0版本的，很奇怪。
一问，工程部同事说：老板说，在研发阶段，图纸版本是A0开始，大量生产阶段从B0开始。工程部同事说叫我把程序文件改一下。
想问一下各位大虾，遇到这种情况如何处理比较妥当？