新项目质量部门的参与疑问

各位朋友，
这里有一个问题较为困惑，想请朋友们给予解答，先表示感谢！
我们公司是一个美国的医疗器材的OEM制造商，国外的客户提供整机和零部件的设计图纸，我们寻找供应商，然后组装出货到国外，每一个新项目都是由我们公司的工程部门负责引进的，他们负责转化吸收客户的英文图纸、装配说明书、质量、测试要求等。
我们的新项目一般分为样品、小批量和两场，目前样品和小批量是工程部门负责的，他们在样品和小批量会制定一个作业指导书（WI），作业人员操作和质量人员的检验都是按照这个标准的，但是质量部门又制定一个检验标准（II)，IPQC巡检人员使用，其内容基本上和工程部门制定的WI上的操作检验要求一致，我觉得这是不合理的，存在问题，想进行一些改进？
请问各位朋友们，你们的质量部门在这种新项目阶段是如何参与的？具体的工作流程和工作步骤是怎样的？
谢谢！