认证前准备

公司要进行质量管理体系的认证，个人认为我们的过程、流程、文件等建立的非常全面，但是就是没有人按照文件去做，现在还缺少12个月的绩效指标，内审的资料不能保持一致，改起来工作量又太大太大，不知道如何是好，领导整天给予思想上的指导，对于实际工作没有太大意义，纠结啊，哪位大侠能指点一下迷津？