小公司推行ISO体系的困扰

最近在一家小企业做ISO推行，经过1个月的冲刺，认证总算通过。但是，如何将体系贯彻执行，让公司走上良性循环的运行轨道，却让我感到无力，原因如下：
1.决策者（总经理、副总经理）分别分管公司一半的部门，每天要处理所管部门的具体事务，凡事亲力亲为，忙的那真的比工程师还忙，经常加班到深夜。老总如此勤劳，本来是件好事，业让所有员工不敢怠慢，但却因此让我这个推行体系的人觉得非常担忧和困扰，部门主管已经迷失了他们的职责。
2.公司人力配置和人员素质方面，老板想用最少的人力做出最大的效益，无可非议，但是现象却是每个部门从主管到工程师，均呈现一种忙得不可开交的状况，无法专心去好好完成一件工作，东一榔头，西一棒子的；另外就是中层管理人员的思想，不肯抛开旧观念，或者说无暇去从系统层面思考问题。
3.公司长期积累下来的弊病，如一个久病失修的大机器，碰到一点，全身颤抖，如解不开的网。
在此求教各位大哥大姐们，多多给予指教。