通过工作日报老总否认了我的工作

心情很不好，想在这里倾述一下，文笔有限，还请各位多见谅！
我在单位担任体系工程师，来公司的主要工作是建立质量体系使企业取得16949认证证书。
总经理是一位技术人员出生，不重视产品质量，不懂质量管理体系，但要求快速拿到证书，按他的思路是：如果不动用原来各部门人员，招一些新人做假记录通过认证最好……
我们公司的产品不是汽车上简单的一个零部件，而是一套控制系统，包括软件和硬件，更重要的是有产品的设计和开发，搞技术人员不懂五大工具，如果组织培训老总又认为是在浪费时间，所以APQP在运行过程中会遇到很多难题 ，进度很慢。
质量手册、程序文件、经营计划（包括质量目标）、三层文件等前期工作已经就绪，目前我认为自己最主要的工作就是跟踪各部门是否按标准、体系文件要求严格执行工作，发现问题整改，有时可能需要修订、补充文件或记录表格；跟踪APQP的进度，对于理论上的问题给予解释，组织评审，自己不明白的地方查阅相关资料。这些工作完成后再进行内审、管理评审，不符合关闭后就联系认证公司进行外部审核。
公司要求每天写工作计划和工作报告，我也是按计划实施每天的工作，可老总说我每天什么都没干，日报告和日计划都写着做同样的事,天天都是什么文件啦、记录啦、APQP之类的……
听了他的话，我觉的好委屈，太打击人的工作积极性了！想请问大家：体系工程师的工作职责应该是什么？遇到这样的老总我该怎么办？