二级文件怎么修改

目前碰到一难事，有一个国内最大的客户（在深圳也是大型企业），来我司审核（对供应商的评审）发现二级程序文件职责不明，定义不清晰，文件流程内容不具指导意义。
但是我公司为了迎接此次客户的评审，提前10天申请并通过了上海凯瑞克认证公司ISO9001:2008体系认证！而且外审合格的证件已经拿到手上；供应商根本不理会这个证件。
自己拿着公司的二级文件看了下，发现供应商提出的不良项（职责不明、定义不清晰）每个文件都存在类似的问题，这个如何是好。
对于一个经过ISO认证的公司，如果内部的整套二级文件进行更改，那10天前的认证通过是否还有效，怎么跟认证公司去说明。如果不修改的话，那就这个最大的客户就有可能丢失。如何做才好？？