这个不合格项真的不合格么？

昨天验厂的同事去验厂，邀请我们的经理一起去，过程中发现一个疑点：该厂原材料有三种，全部由工厂老板亲自负责，别人无权利过问，于是审核的同事认为原材料的操作方式没有进入公司的管理体系，所以开了不合格。而我的经理认为，工厂老板是法人，工厂的运营包括管理体系，一切的真实本质是为法人服务的，现在既然工厂老板承担了责任，也就是原材料的处理有人负责，就不应该开不合格项了。

各位朋友，遇到这种情况你们怎么办，按照ISO9000的原则，你们会开不合格么？