你们公司怎么做的？

各位朋友，大家好！
我现在遇到一个问题，想请教各位的公司是如何进行操作的，请大家指教，谢谢！
公司要做14001，现在走到环境验收的最后一个阶段，环保局来验收后指出了一个不合格项需求整改：过道外堆放了垃圾箱和成品机器，与旁边的危险化学品易发生事故，故需清理垃圾和成品机器
本来问题很简单，我们清理完过道 的垃圾和机器就OK了，可问题现在是，生产部经理说，这批成品之所以没有入库是因为这批成品是之前入过库的，然后由于发现了某个不良，就由质量从成品库里领出来了，现在应该由你们再入库，时隔半年之久，现在质量不肯入库，事情无法进展，想请教各位：
1.这种情况应由质量入库吗？（说明，是由于整机上一个原材料不良而导致需要成品返工的）
2.我们经理说，为了让14001不搁置，我们应该委屈入下库，不然就进展不了了，各位怎么看，难道我们真要这么做吗？请各位积极发表，谢谢了！