请教子公司的体系认证问题

总公司已经通过了TS16949的体系认证，现在新成立了一家子公司，需要做TS16949的体系认证，我刚调入体系部门，存在几点疑惑，请教论坛上的大虾，还望不吝赐教，谢谢。
1.职能区分：总公司与子公司只在财务上进行独立核算，子公司的产品涉及的采购、研发均由总公司来负责，子公司生产的产品销售给总公司。
2.质量体系文件：总公司的质量体系文件中不提及子公司，但是在管理职责上，各相应部门对子公司各相应部门具备公共支持职能。比如设备采购、基建设施扩建等均需要报总公司相关部门进行审批。测量设备等周期检定报总公司进行周期检定等。
我的疑问是：
子公司和总公司直接的职责界定如何在质量手册和程序文件中区分？对于属于总公司目前权限的过程，比如采购、开发等环节，是直接套用总公司程序文件呢（程序文件中未提及子公司），还是拿过来按照内容，更改相应的程序文件编号？