有关第三层次文件

大家好！
做为初学者，想请教如下问题：

我们属于总部下的分公司，体系文件：质量手册及程充文件是完全引和总公司，

作业指导书可以由分公司自己编制，可总公司的编号与归类感觉比较混乱，

我想：各部门的管理规定做为作业指导书格式进行编号？比如规程、操作说明、岗位责任制这些做为技术类文件格式来编号？
不知这个做法是否错误？
请大家给点意见！谢谢大家！