对体系流程文控检查的疑问

各位高手，本人刚入行任ISO专员，公司推行9000体系，由于刚入行，且之前没有接触过质量体系方面的工作，很不熟悉。前阵子公司老总让我根据体系流程对公司组织各方面检查一遍。有个度我没想好怎么把握，就是在文控方面，1234阶体系文件都在我手上，想检查不难，但是对于采购、销售、客服方面的文件，我可以看的吗？那会不会涉及到一些比较保密的文件，该检查的又有哪些？订单？合同？反馈记录？投诉内容？要是必要查看的文件他们以机密为由不让我看那该肿么办？请各位高手赐教！