组织架构发生了改变，相关文件都要改变，急

我司做9000、14000、18000三体合一，我公司组织架构发生了改变，如：有的部门删了，其科室化到其它部门，有的科室升到部，有的科室改成了部，有的一个部门分成两个部门，那管理手册、程序文件、三层文件相关的内容是否都要改啊？那就是一个庞大的工程。
如何办，请高人指教！