TS外审严重不符合项

妹纸公司8月份进行了TS16949第三方审核，给开出了3个严重不符合项，要求3个月内改善完毕，3个月后审核员过来现场确认。严重不符合项一定要这样吗？开的这些不符合真不知道怎么回复啊，纠结，求大神指导～～～～～～～
1、组织文件在2012/12月份进行了变更，新文件按照ISO9001:2008标准建立，没有识别和确定过程的顺序和相互作用。质量管理体系的变化过程是失败的
2、新产品的PFMEA分析，对过程要求的引用部分输入的是产品和过程特性要求，而非制造流程的展开
设计过程的输出是失败的
3、新产品开发资料，组织对游标卡尺，千分尺，电子天平，分光光度计没有计划和实施MSA
测量系统的分析过程是失败的
还有三个一般不符合
1、客诉没有分析到根本原因，缺乏解决问题的能力包括防错方法的应用。
组织的纠正措施实施过程是失败的
2、组织的绩效考核指标按照部门进行了分解，没有按照过程方法分解到所识别的过程
组织的质量目标建立和绩效评估过程是失败的
3、组织过程审核发现2012年过程能力Ep=83.75%，2013年Ep=66.29%，过程符合性，稳定性持续下降
组织的过程能力控制是失败的