把代加工厂的名字放在本公司同一张ISO9001证书上，其组织架构怎么弄？

我司有一代工厂，所有管理人员都我司派过去的，且都是与我司签订的劳动合同。
现在认证公司已确认可以将代工厂的名字放在我司的ISO9001证书上，但代工厂需要出一份文件，说明其工厂由我司进行全权管理。
1、那么这种情况下，代工厂的组织架构是不是需要代工厂发布干部任命通知，对我司派过去的人员进行内部任命（如生产、品管、工程管理人员），会不会存在劳动纠纷的风险？通过签订合作协议，明确管理成本、技术等无偿支持责任，是否能规避风险。
2、有没有必要与代工厂和派过去的管理人员签订三方协议，明确责任和义务。
 
 
迷茫，请指教。。。。。
 
补充一下：代工厂实际是由我司出资注册，只是不是以我司的名义，而是由我司的员工去注册法人的。代工厂的场地也是以我司名义租的，只是代工厂使用。所有的管理都是由我司决定的，包括代工厂的法人管理。