在特定部门而非在整个公司实施环境管理体系之疑问？

昨晚在看环境管理体系标准时，偶然想到这样个问题，希各同行、知深人士指点、共同探讨：
环境管理体系要求附录中提到：“是在整个组织内，还是仅在一些特定的工作部门或活动中实施本标准，可由组织自行决定”。
针对以上描述，假如一个比较大规模公司只想对品管、生产、工程部门实施本标准，其它部门如PMC、研发、采购、仓储等不实施本标准。则请问这种体系实施与整个公司实施是否会出现哪些明显的不同运作现象，当出现不同现象时该如何进行？
如：1、所有方针、目标指标等均按特定部门规定还是按公司立场规定？
2、对应体系要求之11份程序文件是否需全部制定？是按特定部门制定还是按整个公司指定？如按特定部门制定肯定有局限性、有制约性，则如何处理？