文件管理

我所在的公司通过质量认证已有六年了，环境、职业健康安全体系整合已有二年，公司老板通过体系运行后，较认可体系的管理理念，准备将公司其他各项管理纳入体系进行管理，在整理各类文件中，我觉得较乱，公司现有体系文件及其他管理文件，两种管理方式，且在体系管理文件中，原来我们是按手册、程序文件、作业指导书、表格进行分类，手册和程序文件在体系建立时确定后，除文件有修改的要求外，末再增加或减少，但作业文件却不断的改变，有工作流程、操作规范、清单、管理办法等，所有增加的文件都列为作业层。文件无链接关系，想加就加，想减就减。不知各位有何好的文件分类管理的办法，如何界定文件的分层？